El área de investigación tiene como propósito principal estudiar e indagar sobre el patrimonio que resguarda el Museo de Arqueología de Alta Montaña, como así también articular con investigadores de cualquier lugar del mundo que estén interesados en realizar pesquisas sobre el mismo en todas las áreas del saber que puedan aportar a su mejor comprensión y al respeto por la diversidad cultural. Debe entonces coordinar, monitorear y dirigir proyectos de investigación dentro del marco institucional del Museo.

Así también procura relevar, investigar y difundir el patrimonio cultural inmaterial de los pueblos y comunidades vinculados con el Museo, asesorar en todo lo concerniente al patrimonio inmaterial e implementar propuestas y acciones de salvaguardia de ese patrimonio, en tanto se encuentre dentro del marco institucional del mismo.

Propende generar instancias de capacitación y transferencia de conocimientos para diversos ámbitos formativos.

Procura espacios de encuentro, reflexión y debate en torno a los ámbitos que le incumben, articulando con otras áreas de la Secretaría de Cultura, de organismos estatales de diverso grado, además de con la comunidad interesada.

Al mismo tiempo, es su función fomentar y contribuir a la divulgación y comunicación pública tanto de los resultados que arrojen las investigaciones llevadas a cabo bajo su órbita o con su monitoreo, mediante diversos soportes y para todos los públicos, promoviendo el conocimiento y reconocimiento de la riqueza cultural de la región. Asimismo contribuir a la generación de contenidos y su promoción.